Безусловно, если после прошивки двигатель сразу начал работать некорректно, и появились явные проблемы, — это может привести к поломке. Но такое случается исключительно из-за криворуких неандертальцев, которые либо настраивают прошивки не понимая, что делают, либо и вовсе берут эти прошивки неизвестно где и у кого. У нас такого не бывает. В подобных ситуациях проблему необходимо устранить: перенастроить параметры или вернуть заводскую прошивку. Но если после настройки автомобиль поехал лучше, а мотор работает стабильно, — беспокоиться не о чем.
Современные двигатели настолько «задушены» в угоду экологическим нормам, что грамотная корректировка рабочих параметров, напротив, может увеличить их ресурс. На многих автомобилях с завода слишком обеднённая топливовоздушная смесь в мощностных режимах — это вредит мотору, так как провоцирует детонацию. На некоторых моторах, например, у турбированных Honda (Civic, CR-V, Stepwgn), на прогреве, наоборот, устанавливается переобогащённая смесь и позднее зажигание, чтобы несгоревшее топливо дожигалось в катализаторе и тот быстрее прогревался. Опять же, ради экологии. Но это, во-первых, убивает сам катализатор, а во-вторых, из-за излишков бензина происходит его проникновение в масло через поршневые кольца, что очевидно снижает ресурс двигателя.